1. Her türlü düzenden yoksun duyu verileri ile düzenli düşünceler arasında uygunluk sağlama çabasıdır.

2. Gözlem ve gözleme dayalı akıl yürütme yoluyla dünyaya ilişkin olguları birbirine bağlayan yasaları bulma çabasıdır.

Bilimsel araştırma yöntemi; sorunu belirleme, gözlem, hipotez, teori ve kanuna ulaşma gibi çeşitli evrelerden oluşur.

"Bilim" kelimesi ile genelde pozitif bilimler kastedilmektedir. Bu da doğa ve toplumsal bilimler olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Doğa bilimleri de fiziki ve biyolojik olmak üzere ikiye ayrılabilir. Fiziki bilimler cansız varlıkları incelerken, biyolojik bilimler canlıları konu alır. Toplumsal bilimler toplum içinde yaşayan insanları her yönüyle inceler.

Bu açıklamadan anlaşılacağı gibi "pozitif bilim"in alanı tabiattır (maddedir, maddi varlıklardır) ve başlıca yöntemi de "deney, gözlem ve akıl yürütme"dir.

Dinin inanç kısmında Allah, vahiy, melekler, yaratma, ölümden sonraki dönem… vardır.

İbadet kısmında belli niyet ve davranışlarla Allah'ın rızasına ermek vardır.

Ahlak kısmında akla ters düşmemekle birlikte onu aşabilen emirler, yasaklar, erdem ve erdemsizlik tanımları vardır.

Bütün bunlar gözlem ve deney yoluyla anlaşılamaz, icat ve keşfedilemez.

Doğru ve güvenilir bir insan peygamber olduğunu söyler, mucizeler gösterir, akla aykırı gelmeyen, insan tabiatı ve menfaatine ters düşmeyen, tutarlı bir takım sözler söyler, buyruklarda bulunur ve bunları vahiy yoluyla Allah'tan aldığını ifade eder. İnsanlar akıllarını kullanarak (laboratuarda inceleyerek değil) peygamberin doğru söylediği kanatine ulaşırlarsa ona iman ederler. Bundan sonra vahiy yoluyla gelen bütün bilgiler müminlere göre -görmeseler, deneyemeseler de- gerçektir, haktır, onlara uygun davranmak gereklidir.

Rönesans ve Batı bilim devriminden önceki bilim anlayışı ile Doğu bilim anlayışı, çağdaş Batı bilim anlayışından daha geniş ve derindir; insanın sezgi gibi başka bilgi kaynaklarını ile kutsal bilgi kaynaklarını da ihtiva eder.

Bugün biz "İslami ilimler" dediğimiz zaman "dinin vahye dayalı bilgileri" üzerinde yapılan, "aklı, yorum kurallarını, tarihi araştırma yöntemlerini…" kullanan ilim dallarını kast ederiz. İslami ilimlerin içeriği, pozitif bilimlerin kesin verileri ve akıl ile çelişmez, ama onları aşar.